Když byly roku 1928 otevřeny Masarykovy ústavy v Krči, mohla první republika slavit evropský úspěch na poli sociální péče. Pouhé dva roky trvaly práce, při kterých na ploše 33 ha vyrostla dvacítka budov pro zaopatření dětí, starých, nemohoucích a nevyléčitelně nemocných obyvatel Velké Prahy. Areál v malebném údolí Krčského potoka patří ke skvostům funkcionalistické architektury a urbanizmu. Vzájemně propojené, racionálně rozvržené pavilony osazené v zeleni, skýtaly zázemí pro 3 300 osob, přičemž velkou inovací byl např. pavilon pro manželské páry. Součástí bylo rovněž bohaté zázemí doprovodných budov. Vedle bytů pro zaměstnance a hospodářských zařízení či prádelny tu byla rovněž vlastní škola, knihovna, kaple nebo biograf a divadelní sál a dále sportovní a rehabilitační zařízení (tenisové kurty či bazény). Ústav byl do značné míry soběstačný; disponoval vlastní pekárnou, řeznictvím s detašovaným chovem dobytka a drůbeže, pěstebními skleníky a sady a rovněž vlastním vodojemem, jehož věž s hodinami tvoří dominantu centrálního náměstí.

Po 1. světové válce a vzniku Velké Prahy byla otázka péče o potřebné čím dál palčivější. Záměr vypracoval dr. Petr Zenkl, předseda zaopatřovací komise hl. m. Prahy, budoucí primátor města. Architektonické řešení připadlo v soutěži Bohumíru Kozákovi. Důraz se kladl na ekonomii a hygienu, budovy byly rozestaveny v racionálním sledu tak, že dětská část byla umístěna blíže lesu, aby se zde mohla odehrávat i výuka, a od zóny pro nemocné a staré lidi byla oddělena ústředním společenským domem a dalšími centrálními provozy. Budovy byly jednoduché, bezozdobné, s plochou střechou a často dvěma suterény s dílnami a sklady.

V dubnu 1941 byla zahájena postupná přeměna areálu na nacistický válečný lazaret. Krátce po druhé světové válce zařízení dále sloužilo jako vojenský lazaret  pro raněné vojáky Rudé armády a pro nemocné a zubožené lidi, kteří se vrátili ve špatném zdravotním stavu z nacistických koncentračních táborů. Brzy po válce bylo rozhodnuto, že celý areál bude přeměněn na nemocniční zařízení a ponese jméno významného českého lékaře Josefa Thomayera.

Zvláštností je zde třípatrové podzemní zdravotnické pracoviště pro 70 pacientů v železobetonovém krytu, vybudované v letech 1952 až 1961. Tato podzemní nemocnice, která do roku 1990 patřila mezi přísně utajované objekty, má tři samostatné zdroje pitné vody, podzemní vodojem a je vybavena agregátem pro výrobu elektrické energie.