Neobvyklé a nádherné věže klášterního kostela benediktinů v Emauzích jsou v pražských pohledech nezaměnitelné. Jejich železobetonová konstrukce s pozlacenými špicemi patří mezi to nejlepší v moderní církevní architektuře u nás.

21. 11. 1347 založil Karel IV. při farním kostele sv. Kosmy a Damiána v Podskalí klášter řádu benediktinů slovanské liturgie. V roce 1371 založil Karel IV. kostel zasvěcený Panně Marii, sv. Jeronýmovi, slovanským věrozvěstům Cyrilu a Metodějovi a českým světcům Vojtěchovi a Prokopovi.

Klášter přežil bez úhony husitství a vypleněn byl až za pasovského vpádu v roce 1611. Potom prošel řadou přestaveb. Za první republiky byly obnoveny bohoslužby ve slovanském ritu. Klášter byl zrušen Němci v roce 1941. V letech 1950 – 1990 jej vlastnila ČSAV. Benediktini se do kláštera vrátili v roce 1990.

Při spojeneckém bombardování 14. 2. 1945 byl klášter silně poškozen. Zásah zničil obě gotické věže kostela a zřítila se větší část klenby. Gotické budovy vyhořely až na klenby v přízemí. Při bombardování zde zahynula i mladší dcera Josefa Lady Eva.

S obnovou kláštera se začalo hned po válce. Benediktýni, kteří se v malém počtu do kláštera vrátili, pověřili obnovou profesora Stefana. Byly opraveny poničené zdi a byla zřízena provizorní dřevěná střecha zničené kamenné pilíře byly nahrazeny železobetonovými. Přes výhrady orgánů památkové péče, požadující v kostele dřevěný strop, prosadil Bedřich Hacar zesílení stávajících kleneb tenkým železobetonovým nadbetonováním. V prostoru spadlé klenby navrhl železobetonovou skořepinu s žebry, vzhledově odpovídající původní gotické konstrukci. Unikátní jsou i železobetonové vazníky a desky střech.

Práce Bedřicha Hacara byly dokončeny roku 1954, ale s dostavbou západního průčelí se otálelo, Stefanovo řešení již nesmělo být z politických důvodů realizováno, neboť „zdůrazňovalo sakrální význam stavby“.

Až v roce 1964 byla uspořádána soutěž, v níž bylo jednohlasně vybráno řešení Karla Marii Černého se statikou Václava Kamberského. Ukončení štítu dvěma subtilními železobetonovými skořepinami spojilo výrazovost gotiky s moderními materiály i postupy.

Dodnes se jedná o jedno z nejodvážnějších architektonických řešení šedesátých let a také připomínku, že stará historická budova a architektura nová si nutně nemusí odporovat. Při procházce po nábřeží si povšimněte drobného detailu, že jedna z věží je o něco menší a subtilnější. Tento prvek je přejat již ze středověké chrámové architektury. Mohutnější věž symbolizuje mužský princip, zato užší a o malinko menší princip ženský.

Od roku 1990 probíhá celková rekonstrukce kláštera.